喜欢收集蜗牛的女孩格蕾丝（莎拉·斯努克 Sarah Snook 配音）在被迫与双胞胎吉尔伯特（柯蒂·斯密特-麦菲 Kodi Smit-McPhee 配音）分开后，结识了古怪的老奶奶萍奇（杰基·韦佛 Jacki Weaver 配音），逐渐找到新的希望和快乐。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

小魔仙夏乐彤、颜可可、白尹玥和司齐，感受到魔法能量异动，乘着星梦月亮船，开启了全新的幻夜之境。夜落集结黑暗力量，让曜星坠落，意图主宰幻夜之境，却被封印在星辰塔内。守护幻夜之境的小魔仙，与夜落操控的黑暗力量作战，得到曜星的认可，成为新的曜星守护者。她们通过试炼，觉醒了曜星力量，与星烁、星玉兄妹结下友谊。共同对抗夜落，却没想到中了夜落的诡计，意外解除封印，释放了夜落，幻夜之境即将迎来一场更大的危机。

拳击手x吸血鬼的爱情故事，爱是超越生命的勇气。

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石 珍珠》（Pokémon Diamond Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。　　《神奇宝贝珍珠 钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。　　在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行

【STORY】　　生活着众多从未见过的新的Pocket Monster的新的世界，踏上伊苏地区的旅行。　　熟悉的组合，小智和皮卡丘，现在的两人又了微妙的变化，新的关键词是「速度感」和「新鲜感」　　在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Pocket Monster新世界的冒险即将展开！【STAFF】　　总监督汤山邦彦　　监督须藤典彦　　系列构成富冈淳广　　人物设计山田俊也　　总作画监督广冈岁仁　　美术监督钱村本义　　色彩设计吉野记通　　摄影监督白井久男　　编辑边见俊夫　　音乐宫崎慎二　　音响监督三间雅文　　【CAST】　　小智：松本梨香　　爱丽丝：悠木碧　　田都：宮野真守　　武藏：林原惠　　小次郎：三木眞一郎　　喵喵：犬山犬子　　皮卡丘：大谷育江　　龙牙兽：津田美波　　小球獭：福原美里　　藤叶蛇：林原惠　　暖暖猪：水田芥末　　杂耍(暂译)：藤村知可