上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。 　　在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……

当年在努布拉岛营建侏罗纪公园时，约翰?哈蒙德（理查德?阿滕伯勒 Richard Attenborough 饰）曾把附近的索纳岛作为恐龙的制造工场。侏罗纪公园沦陷后，索纳岛上的恐龙在完全隔绝且缺少必要合成元素的情况下生存了4年时间。哈蒙德对此颇感好奇，他重新找到马科姆博士（杰夫?高布伦 Jeff Goldblum 饰），邀请他前往小岛考察。4年前经历让马科姆心有余悸，他断然拒绝哈蒙德的提议，但当得知女友莎拉（朱丽安?摩尔 Julianne Moore 饰）已前往小岛之时，只得跟随探险队整装出发。 　　在索纳岛上，另一组野蛮的探险队已经先期到达，他们抓捕恐龙将其卖到外国。利欲熏心使得这些贪婪之徒全然不顾危险，竟然打起暴龙的主意。索纳岛旋即变成恐怖的屠杀地狱……

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 　　可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一（张耀扬 饰）成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。 　　阿风（元彪 饰）和Dark（郑伊健 饰）企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎（王力宏 饰）和铁男（冯德伦 饰）等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一（张耀扬 饰）成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。 　　阿风（元彪 饰）和Dark（郑伊健 饰）企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎（王力宏 饰）和铁男（冯德伦 饰）等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

阿米尔和他的朋友抢劫了一家银行，但他另有打算：他带着钱逃往沙漠里的一个村庄，在那里他遭遇了一伙当地黑帮……

在上一集中，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的同伴们，众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序发生了错误，变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻，失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）通过病毒侵入了保护伞公司的系统，他放走了爱丽丝并告诉她，她是人类最后的希望，而为了拯救人类，他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达王（李冰冰 饰），两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时，爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队，从外向内进行突围。 　　保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市，并使用克隆人作为T病毒的实验对象...

爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）在华盛顿特区被威斯克背叛后身陷险境，人类几乎要失去最后的希望。作为唯一的幸存者，也是人类对抗僵尸大军的最后防线，爱丽丝必须回到噩梦开始的地方——浣熊市，才能完成拯救世界救赎人类的正义使命。回归故事发生的起点浣熊市，爱丽丝将和昔日的朋友一起对抗僵尸和最新变种怪物，与 保护伞公司展开了一场惊心动魄的终极决战。