琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授（帕特里克•斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…

影片以“伪纪录片”的形式再现了伪造了轰动一时的“罗斯维尔事件”丑闻的始末。1995年，一部记录1947年7月4日美国新墨西哥州罗斯维尔飞碟坠毁事件后，美国军方科学家对外星人尸体进行解剖的黑白纪录片被证明是一场骗局，引起了世人极大的轰动。拍摄这部解剖外星人短片的年轻人雷·桑蒂利（德科兰·当纳利DeclanDonnelly饰）和盖理·舒菲尔德（安东尼·迈克尔帕特林AnthonyMcPartlin饰）一手操办了这场欺骗世人的疯狂闹剧。但这两位年轻人还是坚称他们的确有拿到母片，只是影片因故损毁，他们才不得不进行伪造。

玛蒂（克里斯汀·贝尔 Kristen Bell 饰）和男友乔什的关系最近有些疏远，她在多次电话联系无效后拜访乔什，但看到的却是男友自杀后的尸体……玛蒂陷入了自责，男友的幻象萦绕在她的眼前。不久，在玛蒂和朋友们使用网络聊天软件时，忽然传来了乔什的即时讯息，玛蒂怀疑有人在使用男友的电脑，委托朋友查看，这导致朋友在乔什家遭遇了恐怖的经历……另一方面玛蒂追索电脑下落，结识了购买电脑的青年德克斯特，后者在乔什电脑中发现了一系列诡异的视频，乔什在视频记录中自述其运用黑客技术释放出了恐怖的物事，而他自己已无法控制。玛蒂在周围人的自杀、失常中愈发体会到一场借助网络传播的恐怖阴云正迅速笼罩整个城市……

地球物理学家田所雄介博士（小林桂树 饰）带领自己的团队前往深海科考，却发现海底出现异常龟裂与乱泥流，在一系列调查之后，他得出来日本列岛在一年后即将沉没的结论。可是日本政府的官员们却认为田所博士的预测只不值得相信的谎言。只有山本首相（石坂浩二 饰）认识到事态的严重性，并且委任田所的前妻鹰森沙织（大地真央 饰）为危机管理大臣，带领田所博士和他们的团队设法拯救日本。很快，从北海道开始，日本诸岛先生发生大规模的地质灾害，整个日本陷入一片恐慌。政府对于灾害束手无措，仅有的海外移居政策完全不能应对急剧恶化的态势，日本诸岛完全沉没的现实即将上演。最终，田中博士和自己的科考队员们终于找到一个可以挽救日本的方法，但这个方法的实际操作却困难重重……

在美国一个中心城市的科学实验室里，一个粒子的加速装置发生了意外，导致实验室里产生了一个不断扩大的黑洞并且从黑洞中走出一个拥有极大电流的恐怖异种，这一切使得整个地球开始巨烈的震动并开始迅速吞噬着一切，房屋、生命乃至整个地球。一股黑色的恐怖不断蔓延开来。科学家BRYCE和SHANNON开始寻找黑洞产生的原因并找出消灭黑洞及恐怖异种的办法,然而……

1500年，大将军托马斯（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）奉皇后伊莎贝拉（蕾切尔·薇兹 Rachel Weisz 饰）之命前往新大陆寻找创传说中的“生命之树”。只要饮下一滴树的汁液，便会获得永生。一路历尽千辛万苦，终于到达了一座辉煌的隐蔽之地，看到了永生难忘的奇异景象。　　2000年，脑癌专家汤米（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）急切为患脑癌的妻子丽兹（蕾切尔·薇兹 Rachel Weisz 饰）寻找良药。研究小组从南美洲丛林里带回了一株奇异的树种标本，在提炼药物用于黑猩猩实验时奇迹般地产生了效果。　　2500年汤姆•乘坐着用思想控制的透明圆球飞船中，穿梭于太空宇宙。辽阔的星际间，身边却只有那棵已快死亡的古树，他无时无刻不回想着关于丽兹的记忆。　　千年的奔涌时空里，苦苦寻觅的一直是生命的真谛……

不久的未来，毒品泛滥已经失去控制，一种极易上瘾的非法药品“D药丸”在美国境内流行，政府当局只好利用高科技监视系统对抗失控的局面。卧底的缉毒探员弗瑞德（基努?里维斯 饰）化名巴布?亚特，试图追踪毒品来源，这样，他与小毒贩唐娜?霍桑（薇诺娜?瑞德饰）、吸毒者吉姆?贝芮斯（小罗伯特?唐尼饰）、厄尼?洛克曼（伍迪?哈里逊饰）、查尔斯?费克（罗瑞?考克兰饰）等人住在一起。但实际上，弗瑞德也被“D药丸”的毒瘾深深吸引。随着毒瘾越来越深，他逐渐模糊现实与虚假间的界线，失去神智的弗瑞德，不断追寻大毒枭的隐藏之处，毫不知情自己一直置身于幕后黑手的摆弄。

在这个史诗三部曲第一部中，伟大的Esplaine爵士的王国陷入敌人围城的危险境地，年轻的公主Vanir接受了给她的第一个也是最重要的任务，去向邻国Blackthorn求援,但她必须先通过人类已知最残忍...

校队篮球运动员马特（Brian Lloyd 饰）等人经历了一场暴力的校际篮球比赛，对方粗野的主场把马特与队友乔伊、布莱恩送进了当地医院。乔伊小妹切丽暗恋马特，无奈马特的拉拉队长女友不给机会。另一方面，这所医院收治的一名女性病人被外星生物寄生，寄生生物通过控制宿主陆续感染控制了护士、医生以及病人。女性感染后被充作寄生生物的诱饵，而男性则化为无自我意识的养料。 马特等人发现了医院的异样，但为时已晚，感染者在医院中横行，乔伊也因受伤开始转化。走投无路的年轻人们决意对抗外星生物，他们摧毁了地下室中的外星培养缸，切丽更发现了这种嗜甜生物的致命弱点……

在一个静寂肃杀的夜晚，居住在镇上的柯迪（保罗·麦卡锡·波英顿 Paul McCarthy-Boyington 饰）、杜克（布莱德·威廉姆·汉克 Brad William Henke 饰）和欧提斯（麦克·C·威廉姆斯 Michael C. Williams 饰）穿梭在阴森的丛林中，几番交手最终抓到一只形容恐怖的异种怪兽。它的眼睛能够迷惑人的心智，被其伤害后全身会因感染而溃烂，最终痛苦死去。柯迪的哥哥提米15年前即死于异种之手，多年来他和同伴一直往返森林和小镇，寻找复仇的机会。　　这次他们带着异种来到当年的好友韦尔（亚当·考夫曼 Adam Kaufman 饰）家中。柯迪、杜克受伤被感染，韦尔的女友紧张之余还打电话报警。混乱之际，异种挣脱锁链逃脱，恐怖在斗室之中蔓延……